本堂は、老朽化に伴い１９９９年に改築されました。間取りは以前と同じですが、様相は大きく変化しました。
仏間の須弥壇は、応挙の子孫に当たる應鶴からの寄贈。そこに安置された本尊釈迦牟尼佛の視点が、本堂6室に描かれた応挙の障壁画の視点となっています。
復刻「波濤図」 (12 襖 ) 。本物は、東京国立博物館に寄託していますが、画聖圓山応挙顕彰会から寄贈され、あたかも現実空間に居ると錯覚する様なリアルな波濤と鶴。
復刻「群仙図」 (2 襖 )や応挙の師・玉堂和尚の肖像画。
旧本堂の模型（原寸の約1/20）。応挙が寄進した当時を伺うことが出来ます。
応挙一族の位牌。上段右から2番目「円誉無三一妙居士」が応挙の戒名。上段最右「本與圓山歓嶺居士」が父藤左衛門。その下「心與圓覚貞正大姉」が母。その左隣「明與圓室妙鏡大姉」が妻。応挙の左隣「寰與彰光應瑞居士」が長男應瑞、その下が妻幸。上段最左「天與響山應震居士」が次男應震、その下が妻いと。
また、江戸絵画の一翼を担った南画の流れを汲む山本和夫画伯（亀岡市在住）が寄進された「浮揚華」（四曲屏風一双）もご覧いただけます。